Mickaël Canouil’s Analysis Scripts Templates

Script templates to work with omics datasets.

R

• default.R

R/functions

• tar-biomart.R
• tar-clean_sample_sheet.R
• tar-crossmap.R
• tar-ewas.R
• tar-gwas.R
• tar-manhattan.R
• tar-meqtl.R
• tar-plink2.R
• tar-pval_trans.R
• tar-qc_idats.R
• tar-qc_plink.R
• tar-sub_chunk.R
• tar-twas.R
• tar-vep.R

R/scripts

• 01-design.R
• 02-qc_idats_snps.Rmd
• 02-qc_idats.Rmd
• 03-qc_plink.Rmd
• 04-qc_impute.Rmd
• 05-ethnicity.R
• 06-omni_to_hg38.R
• 07-save_outputs.R
• 08-vep_vcf_docker.R
• 09-gwas.R
• 10-ewas.R
• 11-twas.R
• 12-ora.R
• 13-gsea.R
• 14-meqtl.R
• 15-eqtl.R
• 16-eqtm_estimated_time.R
• 16-eqtm.R

R/targets

• tar_crossmap.R
• tar_ewas.R
• tar_genotype.R
• tar_gsea.R
• tar_gwas.R
• tar_meqtl.R
• tar_methylation.R
• tar_ora.R
• tar_twas.R
• tar_vep.R

Rmarkdown

Note: assets directory from github.com/umr1283/xaringan-template is required!

• ewas_report.Rmd
• genotype_array_qc_report.Rmd
• gwas_report.Rmd
• methylation_array_qc_report.Rmd
• twas_report.Rmd