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aroaxinping/redmoon

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redmoon

CI PyPI Python License: MIT

Herramienta de analisis que cruza datos del ciclo menstrual con metricas de sueño, HRV y frecuencia cardiaca a partir de tu exportacion de Apple Health.

Una sola linea y obtienes un informe con tests estadisticos, correlaciones y deteccion de patrones hormonales en tu sueño.

pip install redmoon
redmoon analyze exportacion.xml

No tienes datos de Apple Health? El repo incluye datos sinteticos de ejemplo para probar todo sin necesitar un iPhone:

git clone https://github.com/aroaxinping/redmoon.git
cd redmoon
pip install -e ".[all]"
pytest tests/ -v          # 48 tests
redmoon dashboard         # abre el dashboard con datos de ejemplo

Dashboard

Significancia estadistica por metrica

Sueño por fase del ciclo

Biomarcadores fisiologicos por fase

Efecto premenstrual

Tendencia temporal


Que encuentra redmoon

Resultados reales con ~6 anos de datos de Apple Health (76 ciclos, 1,153 noches):

Metrica Cambia con el ciclo? Detalle
Temperatura de muneca Si (p < 0.000001) +0.375 C en fase lutea vs folicular
HRV Si (p < 0.000001) -3ms en fase lutea
Frecuencia cardiaca en reposo Si (p < 0.000001) +2bpm en fase lutea
Despertares premenstruales Si (p = 0.034) +1.1 despertares/noche los ultimos 5 dias
Duracion del sueño No (p = 0.28) Sin diferencia entre fases
% REM / % Deep No (p > 0.7) Sin diferencia entre fases
Eficiencia del sueño No (p = 0.21) Sin diferencia entre fases

Conclusion: las hormonas cambian tu fisiologia nocturna de forma muy clara (temperatura, HRV, frecuencia cardiaca), pero el sueño en si solo se ve afectado justo antes del periodo, con mas despertares.


Como usar redmoon con tus datos

1. Exportar datos de Apple Health

En tu iPhone: Salud → foto de perfil → Exportar datos de salud → te genera un zip con exportacion.xml.

2. Instalar

pip install redmoon

Con extras opcionales:

pip install redmoon[all]    # incluye visualizaciones, ML y dashboard
pip install redmoon[viz]    # solo matplotlib + seaborn
pip install redmoon[ml]     # solo scikit-learn

3. Ejecutar analisis

Desde terminal:

# Analisis completo con report en consola
redmoon analyze exportacion.xml

# Guardar report a archivo + CSVs intermedios
redmoon analyze exportacion.xml --output report.txt --csv-dir data/

# Exportar como JSON (para integraciones o procesado posterior)
redmoon analyze exportacion.xml --json --output report.json

# Modo verbose para ver logs detallados
redmoon -v analyze exportacion.xml

Como libreria Python:

from redmoon import parse_export, CycleSleepAnalyzer

data = parse_export("exportacion.xml")
analyzer = CycleSleepAnalyzer(data)
report = analyzer.run()

# Report completo en texto
print(report.summary())

# Medias por fase como DataFrame
report.phase_means()

# Tests estadisticos
report.statistical_tests()

# Efecto premenstrual
report.premenstrual_effect()

# Exportar como diccionario JSON-serializable
report.to_json()

4. Dashboard interactivo (opcional)

pip install redmoon[all]
redmoon dashboard

5 vistas: resumen, sueño por fase, biomarcadores, efecto premenstrual, tendencia temporal.

Si no tienes datos propios en data/, el dashboard usa automaticamente los datos sinteticos de sample_data/.

5. Notebook de analisis (opcional)

jupyter notebook notebooks/analysis.ipynb

16 secciones con visualizaciones completas, tests estadisticos, prediccion ML, y correlaciones.


Que datos necesitas

redmoon extrae automaticamente del XML de Apple Health:

Dato Fuente Registros tipicos
Fases de sueño (Core, REM, Deep, Awake) Apple Watch Miles
Flujo menstrual App Salud / tracker Cientos
Temperatura de muneca nocturna Apple Watch Ultra / Series 8+ Cientos
HRV (SDNN) Apple Watch Miles
Frecuencia cardiaca en reposo Apple Watch Miles
Perturbaciones respiratorias Apple Watch Cientos

No necesitas todos. El minimo es sueño + periodo. Los biomarcadores (temperatura, HRV, HR) enriquecen el analisis pero son opcionales.


Metodologia

Agregacion nocturna

Cada noche se asigna a la fecha en que empieza el sueño. Si te duermes a las 2:00, esa noche cuenta como el dia anterior. Se filtran noches con <2h de sueño o >16h en cama.

Deteccion de ciclos

Los dias de sangrado consecutivos se agrupan en periodos. Un nuevo periodo empieza cuando hay >5 dias sin sangrado. Ciclos de <21 o >45 dias se excluyen.

Asignacion de fases

Cada ciclo se divide en 4 fases proporcionalmente a su duracion real:

Fase Dias tipicos Que pasa hormonalmente
Menstrual 1-5 Estrogeno y progesterona en minimo. Sangrado. Fatiga.
Folicular 6-13 Estrogeno sube. Mas energia y claridad mental.
Ovulatoria 14-16 Pico de estrogeno y LH. Liberacion del ovulo. Temperatura empieza a subir.
Lutea 17-28+ Progesterona alta. Temperatura +0.3-0.5 C. Al final, caida hormonal → PMS.

La fase lutea se subdivide en lutea temprana y premenstrual (ultimos 5 dias) para aislar el efecto PMS.

Tests estadisticos

  • Kruskal-Wallis: test no parametrico para comparar las 4 fases
  • Mann-Whitney U con correccion de Bonferroni: comparaciones post-hoc por pares
  • Spearman: correlaciones entre metricas
  • Random Forest: prediccion de fase lutea vs no-lutea (F1 = 0.79 con temperatura + HRV + HR)

Limpieza de outliers

  • Eficiencia > 100%: Apple Health puede registrar InBed desde el iPhone y las fases desde el Watch, causando inconsistencias. Se usa max(InBed, sleep+awake) como denominador y se capea al 100%.
  • Ciclos anormales: <21 o >45 dias se excluyen.
  • Noches pre-2020: solo tienen InBed sin desglose en fases (el Watch no lo soportaba).

Estructura del proyecto

redmoon/
├── redmoon/               # Paquete Python (PyPI)
│   ├── __init__.py        #   Exports: parse_export, CycleSleepAnalyzer
│   ├── parser.py          #   XML → DataFrames
│   ├── analyzer.py        #   Analisis + report + JSON export
│   ├── constants.py       #   Constantes, umbrales y logica de fases
│   └── cli.py             #   CLI: redmoon analyze / redmoon dashboard
├── tests/                 # Tests (pytest, 48 tests)
│   ├── test_parser.py     #   Parser: tipos, columnas, validacion, edge cases
│   ├── test_analyzer.py   #   Analyzer: pipeline, report, JSON serialization
│   └── test_constants.py  #   Asignacion de fases, ciclos limite (21/45d)
├── sample_data/           # Datos sinteticos (3 ciclos, ~85 noches)
├── notebooks/
│   └── analysis.ipynb     # Analisis completo con graficas
├── dashboard.py           # Dashboard Streamlit (5 vistas)
├── .github/workflows/     # CI: tests en Python 3.9-3.12
├── data/                  # (gitignored) tus datos privados
├── pyproject.toml
└── LICENSE                # MIT

Desarrollo local

git clone https://github.com/aroaxinping/redmoon.git
cd redmoon
pip install -e ".[all]"
pip install pytest
# Ejecutar tests
pytest tests/ -v

# Probar con datos de ejemplo
python -c "
import pandas as pd
from redmoon import CycleSleepAnalyzer

data = {
    k: pd.read_csv(
        f'sample_data/{k}.csv',
        parse_dates=['start', 'end'] if k == 'sleep' else None,
    )
    for k in ['sleep', 'menstrual', 'wrist_temp', 'hrv', 'resting_hr', 'breathing']
}
print(CycleSleepAnalyzer(data).run().summary())
"

Privacidad

Los datos de salud estan en .gitignore. El repo solo contiene codigo y datos sinteticos de ejemplo. Ningun dato personal se sube.

Licencia

MIT

About

Analyzing the relationship between menstrual cycle phases and sleep quality using Apple Health data

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License

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