docs: add architecture audit with weighted scoring and refactoring roadmap

[SatoryKono]

Motivation

• Зафиксировать текущее состояние архитектуры проекта и собрать верификационный лог для дальнейшего планирования рефакторинга.
• Обеспечить управляемую дорожную карту по сокращению технического долга с измеримыми метриками и критериями готовности.

Description

• Добавлен новый отчёт docs/99-archive/reports/architecture-audit-2026-03-04.md, содержащий Executive Summary, 10 категорий оценки с весами, расчёт интегрального балла и интерпретацию результата.
• В отчёте документированы проверенные находки по соблюдению слоистой архитектуры, Hexagonal/DDD, проблемные места (exemptions, крупные файлы, skip-зоны тестов, реэкспорт infra из interfaces) и рекомендации.
• Включён приоритизированный план рефакторинга с конкретными шагами, ожидаемыми правками модулей (например, декомпозиция pipeline_factory.py), рисками, способами минимизации и определениями «готово».
• Добавлены предложения по набору метрик (ACI, DPI, Boundary Purity и др.) и прогноз изменения интегрального балла после реализации ключевых шагов.

Testing

• Запущены архитектурные тесты uv run python -m pytest tests/architecture/ -q, все проверки прошли успешно при наличии нескольких SKIPPED тестов (например, bootstrap/tracing/env-var related skips).
• Выполнена статическая проверка типов uv run python -m mypy --strict src/bioetl/, результат: Success: no issues found.
• Пре-коммит хуки применили форматирование и исправления формата Markdown (mdformat, удаление trailing whitespace), и одна проверка pip-audit оказалась недоступна в окружении и была пропущена (зафиксировано как среда-ограничение).
• Все изменения зафиксированы только в виде документации; нет изменений в runtime-коде, поэтому регрессионные тесты коду не требовались.

---

Codex Task

[chatgpt-codex-connector]

💡 Codex Review

Here are some automated review suggestions for this pull request.

Reviewed commit: bb354fbe70

ℹ️ About Codex in GitHub

Your team has set up Codex to review pull requests in this repo. Reviews are triggered when you

• Open a pull request for review
• Mark a draft as ready
• Comment "@codex review".

If Codex has suggestions, it will comment; otherwise it will react with 👍.

Codex can also answer questions or update the PR. Try commenting "@codex address that feedback".

[chatgpt-codex-connector]

Correct integral score to match weighted category totals

The stated integral score 7.51 / 10 is inconsistent with the weighted values in the table above it: adding the listed weighted scores yields 7.81 (or 7.811 before rounding), not 7.51. This numerical mismatch undermines the report’s conclusions and can skew planning decisions that depend on the aggregate architecture score.

Useful? React with 👍 / 👎.