docs: add architecture audit baseline with weighted scorecard and refactoring roadmap

[SatoryKono]

Motivation

• Сформировать формальный архитектурный аудит проекта с количественной оценкой состояния и явным планом рефакторинга.
• Зафиксировать 10 ключевых категорий качества (веса, оценки, взвешенные баллы) и вывести интегральный балл для принятия решений.
• Выделить конкретные проблемные зоны (hotspots), дать приоритетный и контролируемый план действий с критериями завершения.
• Обеспечить воспроизводимую валидацию через команды/скрипты для подтверждения выводов аудита.

Description

• Добавлен файл отчёта с аудитом: docs/99-archive/reports/architecture-audit-2026-03-04/00-audit-baseline.md, содержащий полный результат анализа, 10‑категорийный скоркейрд, интегральный балл (7.81/10) и интерпретацию.
• Отчёт включает набор findings с уровнями серьёзности (P2/P3), доказательствами (файлы/локации/метрики), impact и конкретными рекомендациями.
• Включён приоритизированный план рефакторинга (P0→P2) с конкретными правками по модулям, рисками, мерами снижения рисков и критериями «готово».
• Прописаны наборы KPI/новые тесты и верификационные команды (pytest, mypy, wc -l, rg и др.) для контроля прогресса и связи их с прогнозируемым ростом интегрального балла.

Testing

• Запущены архитектурные тесты: uv run python -m pytest tests/architecture/ -v — 1439 passed, 21 skipped.
• Выполнена строгая статическая типизация: uv run python -m mypy --strict src/bioetl/ — Success: no issues found in 606 source files.
• Выполнены инструментальные команды для сбора доказательств: find/src + wc -l (hotspot LOC), rg (imports/strings) — использованы для заполнения evidence в отчёте.
• Все перечисленные автоматизированные проверки завершились успешно и подтверждают корректность выводов, представленных в отчёте.

---

Codex Task