docs: add architecture audit scorecard and phased refactoring plan

[SatoryKono]

Motivation

• Зафиксировать текущее архитектурное состояние кода проекта в машинно-читаемом отчёте и дать приоритетный план рефакторинга для снижения технического долга.
• Обеспечить трассируемые доказательства выводов (архитектурные тесты / статический анализ) для рисков и рекомендаций.

Description

• Добавлен файл docs/99-archive/reports/architecture-audit-2026-03-04.md, содержащий 10‑категорийную оценку архитектуры с весами, баллами и вычислением интегрального результата.
• В отчёте перечислены найденные проблемы (P2/P3) с evidence/impact/recommendation/verification-commands и приоритизированный поэтапный план рефакторинга с целями, конкретными модулями/правками, рисками и критериями «готово».
• Включён раздел с предложениями по метрикам и новым архитектурным тестам для предотвращения регрессий и прогнозом влияния ключевых шагов рефакторинга на интегральный балл.

Testing

• Запущены архитектурные тесты командой uv run python -m pytest tests/architecture/ -q, результат: PASS (есть ожидаемые пропуски/skip).
• Запущена строгая проверка типов uv run python -m mypy --strict src/bioetl, результат: PASS (Success: no issues found in 606 source files).
• Запущен статический линт uv run ruff check src/bioetl tests/architecture, результат: FAIL (зафиксировано 26 текущих предупреждений/ошибок, отмечено в отчёте как baseline technical debt).

---

Codex Task