docs: add architecture audit report and prioritized refactoring roadmap

[SatoryKono]

Motivation

• Зафиксировать текущее состояние архитектуры проекта и предоставить воспроизводимый, проверяемый аудит с приоритетным планом рефакторинга.
• Обеспечить количественную оценку по 10 ключевым категориям для трекинга прогресса по архитектурным метрикам.
• Выделить критические и приоритетные области (документация, god-modules, Silver writer, debt exemptions) для последовательного уменьшения технического долга.

Description

• Добавлен файл отчёта docs/99-archive/reports/architecture-audit-2026-03-03/00-architecture-audit.md, содержащий executive summary, 10‑категорийную взвешенную оценку и интегральный балл.
• В отчёте перечислены конкретные findings с уровнями серьёзности (P1/P2/P3), доказательствами, рекомендациями и верификационными командами, а также приоритизированный пошаговый план рефакторинга (шаги 1–7).
• Приведён набор предлагаемых метрик (ACI, God‑Module Index, Exemption Debt Index и т.д.) и оценочная модель влияния ключевых шагов рефакторинга на интегральный балл.

Testing

• Запущена архитектурная проверка: uv run python -m pytest tests/architecture -q, результат — 1 падающий тест (test_no_legacy_kebab_pipeline_ids_in_active_docs), что отражено в отчёте как критическая находка.
• Прогнан строгий статический анализ типов: uv run python -m mypy --strict src/bioetl, результат — Success: no issues found in 550 source files.
• Верификационный лог и команды для повторного запуска тестов и для валидации исправлений включены в отчёт (см. секцию "Verification Log").

---

Codex Task