docs: add architecture audit report with weighted scoring and refactoring plan

[SatoryKono]

Motivation

• Зафиксировать текущее состояние архитектуры проекта в верифицируемом артефакте и дать приоритетный план рефакторинга на основе кодовой базы и архитектурных тестов.
• Обеспечить следование внутренним правилам (Hexagonal, DDD, Medallion) и дать конкретные шаги для снижения техдолга и повышения сопровождаемости.

Description

• Добавлен файл отчёта аудита: docs/99-archive/reports/architecture-audit-2026-03-03/00-audit-baseline.md, содержащий 10-категорийную оценку архитектуры с весами, числовыми оценками и итоговым взвешенным баллом (7.15/10).
• В отчёте описаны верификационные шаги и реальные evidence (включая ссылки на проверяющие команды и проблемные места), findings с уровнями критичности (Critical/Moderate/Informational) и конкретные рекомендации (декомпозиция MergeService, разбиение pipeline_factory.py, нормализация документации и т.д.).
• Добавлен приоритетный план рефакторинга с целями, конкретными модульными правками, рисками, способами минимизации и критериями «готово» для каждого шага.
• В отчёте предложены метрики для CI/архитектурного контроля и прогноз влияния ключевых шагов на интегральный балл.

Testing

• Выполнены архитектурные проверки: uv run python -m pytest tests/architecture/ -q — результат: 1 падение (tests/architecture/test_documentation_sync.py::test_no_legacy_kebab_pipeline_ids_in_active_docs) зафиксирован в отчёте.
• Прогон строгой типизации: uv run python -m mypy --strict src/bioetl/ — результат: успешно (no issues).
• Запущены таргетные архитектурные тесты: uv run python -m pytest tests/architecture/test_antipatterns.py -q — прошло успешно.
• Запущен тест производительности/ограничений: uv run python -m pytest tests/architecture/test_performance.py -q — прошло успешно.

---

Codex Task