Outils d'analyse de vasculature

(par Raphaël Royer-Rivard)

Mon environement python : voir torch_pip_list.txt

Mes données : disponibles dans le drive partagé (\\primnis.gi.polymtl.ca\dfs dans mon répertoire Raphael, peut-être dans anciens_etudiants) au nom de segmentations_vessel_analysis.zip

Outil d'extraction de graphe

Plus de documentation disponible vers la fin du fichier /src/VESSELANALYSIS/vesselanalysis.py

Outil d'identification manuelle de l'ostium

Exécuter le fichier /src/VESSELANALYSIS/ostium_identification_tool.py

Outil d'identification manuelle de paires de bifurcations

Exécuter le fichier /src/PAIRING_TOOL/tool_app.py

Outil d'entraînement de réseau de neurones par graphe pour la mise en correspondance spatiale des bifurcations

Exécuter le fichier /src/VESSELANALYSIS/siamese_trainer.py

Outils de segmentation automatique et d'annotation

(par Fantin Girard)

Mon environement python : voir tensorflow_pip_list.txt

For AngioSeg with tensorflow 1.3: at last an easy installation

• First install CUDA toolkit 8.0

• Unzip Cudnn v6.0 for cuda 8.0 + add \bin to the PATH environment variable.

• install python 3.5.2 64 bits in the preferred location (please note only one version of python 3 can be in the path) or anaconda 3 64 bits to create specific environment

• then open command pip3 install --upgrade tensorflow-gpu

• cd in Package directory

• install numpy with pip install numpy-1.13.3+mkl-cp35-cp35m-win_amd64.whl

• install scipy with pip install scipy-1.0.0rc1-cp35-cp35m-win_amd64.whl

• install opencv from the wheel provided by http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/ pip install opencv_python-3.3.0+contrib-cp35-cp35m-win_amd64.whl

• install PyQt4 with pip install PyQt4-4.11.4-cp35-cp35m-win_amd64.whl

• install Pillow with pip install Pillow-4.3.0-cp35-cp35m-win_amd64.whl

• install matplotlib with pip install matplotlib-2.1.0-cp35-cp35m-win_amd64.whl

• install TortoiseSVN

• install Pycharm or favorite IDE

• checkout https://192.168.0.107/svn/AngioSeg/trunk

• voir python_dependencies pour toutes les librairies et leurs versions au moment du test. (normalement on peut mettre à jour toutes les librairies sans impact sur le code - tensorflow change de moins en moins son API)

• Apres installation de Visual, installer Nsight pour avoir la compil CUDA

• les 3 modèles sont ici: E:\Fantin\AngioData\checkpoint checkpointimageback = modele avec image background 1024x1024 checkpointimage = modele avec image 1024x1024 (utilisé notamment dans l'interface SEGMENTATIONTOOL) checkpointimageback512 = modele avec image background 512x512 (utilisé avec VIDEOTOOL)

• avant de lancer VIDEOTOOL il faut ouvrir visual studio et compiler les solutions suivantes en Release x64 : src\VESSELANALYSIS\CUDASkel\CUDASkel.sln et src\VESSELANALYSIS\VesselAnalysis\VesselAnalysis.sln

Pour lancer SEGMENTATIONTOOL --> labelAV.py Pour lancer VIDEOTOOL --> camerawidget.py