Cheminformatics in marimo

ケモインフォマティクス実務者向けの marimo インタラクティブチュートリアルです。 化学を題材に marimo の主要機能（リアクティビティ、UI 要素、可視化、レイアウト）を体験できます。

クイックスタート

# サンドボックスモード（推奨）— PEP 723 メタデータから依存関係を自動解決
uvx marimo edit main.py --sandbox

# marimo がインストール済みの場合
marimo edit main.py --sandbox

# または uv プロジェクトとして実行
uv sync
uv run marimo edit main.py

チュートリアル構成

セクション	内容	marimo 機能
A: セットアップ	インポート、タイトル、リアクティビティ解説	@app.cell, mo.md(), mo.callout()
B: データ	RDKit デモ SDF (~200 NCI 分子), pandas DataFrame	mo.ui.table, format_mapping, mol_to_svg
C: UI 要素	ウィジェットカタログ、ドロップダウン+スライダー連携	mo.ui.slider, mo.ui.dropdown, mo.ui.checkbox, mo.ui.number
D: 可視化	Altair 散布図（インタラクティブ選択）, Matplotlib ヒストグラム	mo.ui.altair_chart, chart.value
E: レイアウト	タブ、アコーディオン	mo.ui.tabs, mo.accordion, mo.hstack, mo.vstack
F: 高度な機能	バッチフォーム、ガード付き計算	mo.md().batch().form(), mo.stop()
G: 応用	ケミカルスペース可視化 (t-SNE + HDBSCAN)	mo.ui.matplotlib, .value.get_mask()

サンプルデータ

• Section B: RDKit 同梱の NCI 分子セット (first_200.props.sdf, ~200 分子)
• Section G: NCI SMILES ファイル (first_5K.smi, 500 分子を使用)

外部ファイル不要 — すべて RDKit に同梱されています。

設計方針

構造式の描画には mols2grid などの専用ライブラリをあえて使わず、 RDKit の rdMolDraw2D + marimo の format_mapping のみで実装しています。 marimo の標準機能だけでどこまでできるかを示すことがチュートリアルの目的です。

依存関係

• marimo — リアクティブ Python ノートブック
• RDKit — ケモインフォマティクスツールキット
• pandas — DataFrame
• Altair — 宣言的可視化
• Matplotlib — プロットライブラリ
• scikit-learn — t-SNE, HDBSCAN
• NumPy — 数値計算