Fix citation loading: Use BibTeX format instead of Python file for bibliography

.gitignore

@@ -0,0 +1,57 @@
+# Python
+__pycache__/
+*.py[cod]
+*$py.class
+*.so
+.Python
+env/
+venv/
+ENV/
+build/
+develop-eggs/
+dist/
+downloads/
+eggs/
+.eggs/
+lib/
+lib64/
+parts/
+sdist/
+var/
+wheels/
+*.egg-info/
+.installed.cfg
+*.egg
+
+# Django
+*.log
+local_settings.py
+db.sqlite3
+db.sqlite3-journal
+media/
+staticfiles/
+
+# Generated documentation files
+paper.pdf
+paper.html
+paper.docx
+*.aux
+*.bbl
+*.blg
+*.fdb_latexmk
+*.fls
+*.synctex.gz
+*.out
+*.toc
+
+# IDEs
+.vscode/
+.idea/
+*.swp
+*.swo
+*~
+.DS_Store
+
+# Temporary files
+/tmp/
+*.tmp

CITATION_GUIDE.md

@@ -0,0 +1,100 @@
+# Solución al Problema de Citas / Citation Problem Solution
+
+## Problema / Problem
+
+Las citas en `paper.md` no se cargan correctamente cuando la bibliografía está en `bibliography.py`.
+
+*Citations in `paper.md` are not loading correctly when the bibliography is in `bibliography.py`.*
+
+## Causa / Cause
+
+Los procesadores de citas para Markdown (como `pandoc-citeproc`) requieren que la bibliografía esté en formato **BibTeX** (archivo `.bib`), no en un archivo Python (`.py`).
+
+*Citation processors for Markdown (such as `pandoc-citeproc`) require the bibliography to be in **BibTeX** format (`.bib` file), not in a Python file (`.py`).*
+
+## Solución / Solution
+
+### 1. Usar el archivo correcto / Use the correct file
+
+El archivo de bibliografía debe ser:
+- ✅ `bibliography.bib` (formato BibTeX)
+- ❌ `bibliography.py` (formato Python)
+
+*The bibliography file should be:*
+- *✅ `bibliography.bib` (BibTeX format)*
+- *❌ `bibliography.py` (Python format)*
+
+### 2. Formato BibTeX / BibTeX Format
+
+El archivo `bibliography.bib` debe contener entradas en formato BibTeX:
+
+```bibtex
+@article{clave2024,
+  title={Título del artículo},
+  author={Autor, Nombre},
+  journal={Nombre de la revista},
+  year={2024},
+  doi={10.xxxx/xxxxx}
+}
+```
+
+### 3. Referenciar en paper.md / Reference in paper.md
+
+En el encabezado YAML de `paper.md`, especificar:
+
+```yaml
+---
+title: 'Título del paper'
+bibliography: bibliography.bib
+---
+```
+
+Dentro del texto, usar citas como: `[@clave2024]`
+
+*In the YAML header of `paper.md`, specify:*
+*Within the text, use citations like: `[@clave2024]`*
+
+### 4. Compilar el documento / Compile the document
+
+Para generar el PDF con las citas correctamente formateadas:
+
+```bash
+pandoc paper.md --bibliography=bibliography.bib --citeproc -o paper.pdf
+```
+
+*To generate the PDF with correctly formatted citations:*
+
+## Archivos de ejemplo / Example files
+
+- `paper.md` - Archivo de ejemplo con citas / Example file with citations
+- `bibliography.bib` - Bibliografía en formato BibTeX correcto / Bibliography in correct BibTeX format
+- `bibliography.py` - ❌ Formato incorrecto (solo para referencia) / Incorrect format (for reference only)
+
+## Comandos útiles / Useful commands
+
+### Generar PDF / Generate PDF
+```bash
+pandoc paper.md --bibliography=bibliography.bib --citeproc -o paper.pdf
+```
+
+### Generar HTML / Generate HTML
+```bash
+pandoc paper.md --bibliography=bibliography.bib --citeproc -o paper.html
+```
+
+### Generar DOCX / Generate DOCX
+```bash
+pandoc paper.md --bibliography=bibliography.bib --citeproc -o paper.docx
+```
+
+## Recursos adicionales / Additional resources
+
+- [Pandoc Citation Syntax](https://pandoc.org/MANUAL.html#citations)
+- [BibTeX Format](http://www.bibtex.org/Format/)
+- [JOSS Paper Guidelines](https://joss.readthedocs.io/en/latest/submitting.html)
+
+## Nota importante / Important note
+
+El archivo `bibliography.py` ha sido incluido solo para demostrar el formato **incorrecto**. En un proyecto real, este archivo debe ser eliminado o renombrado a `bibliography.bib` con el formato BibTeX apropiado.
+
+*The `bibliography.py` file has been included only to demonstrate the **incorrect** format. In a real project, this file should be deleted or renamed to `bibliography.bib` with the appropriate BibTeX format.*

DEMONSTRATION.md

@@ -0,0 +1,80 @@
+# Demostración del Problema y Solución / Problem and Solution Demonstration
+
+## Prueba con bibliography.bib (✅ CORRECTO / CORRECT)
+
+### Comando / Command:
+```bash
+pandoc paper.md --bibliography=bibliography.bib --citeproc -o paper.html
+```
+
+### Resultado / Result:
+✅ **SUCCESS**: Las citas se procesan correctamente / Citations are processed correctly
+
+El archivo HTML generado muestra:
+- Citas en el texto con el formato apropiado: `(Albaladejo González et al. 2024)`
+- Lista de referencias completa al final del documento
+- Todos los metadatos de las publicaciones correctamente formateados
+
+*The generated HTML file shows:*
+- *Citations in the text with proper format: `(Albaladejo González et al. 2024)`*
+- *Complete reference list at the end of the document*
+- *All publication metadata correctly formatted*
+
+---
+
+## Prueba con bibliography.py (❌ INCORRECTO / INCORRECT)
+
+### Comando / Command:
+```bash
+pandoc paper.md --bibliography=bibliography.py --citeproc -o paper.html
+```
+
+### Resultado / Result:
+❌ **ERROR**: `Could not determine bibliography format for bibliography.py`
+
+Pandoc no puede procesar el archivo porque no reconoce el formato `.py` como un formato de bibliografía válido.
+
+*Pandoc cannot process the file because it doesn't recognize the `.py` format as a valid bibliography format.*
+
+---
+
+## Formatos de Bibliografía Soportados / Supported Bibliography Formats
+
+Pandoc soporta los siguientes formatos de bibliografía:
+
+*Pandoc supports the following bibliography formats:*
+
+| Formato / Format | Extensión / Extension | Descripción / Description |
+|------------------|----------------------|---------------------------|
+| BibTeX | `.bib` | Formato estándar para LaTeX / Standard format for LaTeX |
+| BibLaTeX | `.bib` | Versión extendida de BibTeX / Extended version of BibTeX |
+| CSL JSON | `.json` | Citation Style Language JSON format |
+| CSL YAML | `.yaml` | Citation Style Language YAML format |
+| RIS | `.ris` | Research Information Systems format |
+| EndNote | `.enl` | EndNote library format |
+
+## Conclusión / Conclusion
+
+Para que las citas funcionen correctamente en `paper.md`, **debe** usar `bibliography.bib` con formato BibTeX, **no** `bibliography.py`.
+
+*For citations to work correctly in `paper.md`, you **must** use `bibliography.bib` with BibTeX format, **not** `bibliography.py`.*
+
+### Pasos para corregir el problema / Steps to fix the problem:
+
+1. Renombrar o convertir `bibliography.py` a `bibliography.bib`
+   *Rename or convert `bibliography.py` to `bibliography.bib`*
+
+2. Asegurar que el contenido esté en formato BibTeX válido
+   *Ensure the content is in valid BibTeX format*
+
+3. Actualizar la referencia en el encabezado YAML de `paper.md`:
+   *Update the reference in the YAML header of `paper.md`:*
+   ```yaml
+   bibliography: bibliography.bib
+   ```
+
+4. Compilar el documento con pandoc:
+   *Compile the document with pandoc:*
+   ```bash
+   pandoc paper.md --bibliography=bibliography.bib --citeproc -o paper.pdf
+   ```

SOLUTION_SUMMARY.md

@@ -0,0 +1,154 @@
+# Resumen de la Solución / Solution Summary
+
+## Problema Original / Original Problem
+
+**Español:** Las citas en `paper.md` no se cargan correctamente cuando la bibliografía está almacenada en `bibliography.py`.
+
+**English:** Citations in `paper.md` are not loading correctly when the bibliography is stored in `bibliography.py`.
+
+---
+
+## Causa Raíz / Root Cause
+
+Los procesadores de citas para documentos Markdown (como `pandoc-citeproc`) **solo reconocen formatos estándar de bibliografía**:
+
+*Citation processors for Markdown documents (like `pandoc-citeproc`) **only recognize standard bibliography formats**:*
+
+- ✅ BibTeX (`.bib`)
+- ✅ CSL JSON (`.json`)
+- ✅ CSL YAML (`.yaml`)
+- ✅ RIS (`.ris`)
+- ❌ **NO** Python (`.py`)
+
+---
+
+## Solución Implementada / Implemented Solution
+
+### 1. Archivos Creados / Files Created
+
+#### `bibliography.bib` ✅
+Archivo de bibliografía en formato BibTeX correcto. Este es el formato que pandoc puede procesar.
+
+*Bibliography file in correct BibTeX format. This is the format that pandoc can process.*
+
+```bibtex
+@article{clave2024,
+  title={Título del artículo},
+  author={Autor, Nombre},
+  journal={Nombre de la revista},
+  year={2024}
+}
+```
+
+#### `paper.md` ✅
+Documento de ejemplo configurado correctamente para usar `bibliography.bib`:
+
+*Example document correctly configured to use `bibliography.bib`:*
+
+```yaml
+---
+title: 'BioStream: An open-source solution...'
+bibliography: bibliography.bib
+---
+```
+
+#### `bibliography.py` ❌
+Ejemplo del formato **incorrecto** (incluido solo con fines demostrativos).
+
+*Example of the **incorrect** format (included for demonstration purposes only).*
+
+### 2. Documentación / Documentation
+
+- **CITATION_GUIDE.md**: Guía completa bilingüe sobre cómo usar correctamente las citas
+  *Complete bilingual guide on how to properly use citations*
+
+- **DEMONSTRATION.md**: Pruebas que demuestran la diferencia entre el formato correcto e incorrecto
+  *Tests demonstrating the difference between correct and incorrect formats*
+
+- **.gitignore**: Excluye archivos generados (PDF, HTML, DOCX)
+  *Excludes generated files (PDF, HTML, DOCX)*
+
+---
+
+## Verificación / Verification
+
+### ✅ Prueba Exitosa / Successful Test
+
+```bash
+pandoc paper.md --bibliography=bibliography.bib --citeproc -o paper.html
+```
+
+**Resultado / Result:** 
+- Las citas se procesan correctamente en el texto: `(Albaladejo González et al. 2024)`
+- Las referencias se generan automáticamente al final del documento
+- *Citations are processed correctly in text: `(Albaladejo González et al. 2024)`*
+- *References are automatically generated at the end of the document*
+
+### ❌ Prueba Fallida / Failed Test
+
+```bash
+pandoc paper.md --bibliography=bibliography.py --citeproc -o paper.html
+```
+
+**Error:** `Could not determine bibliography format for bibliography.py`
+
+---
+
+## Cómo Usar / How to Use
+
+### Paso 1: Preparar la bibliografía / Step 1: Prepare the bibliography
+
+Crear o mantener el archivo `bibliography.bib` con entradas en formato BibTeX.
+
+*Create or maintain the `bibliography.bib` file with entries in BibTeX format.*
+
+### Paso 2: Configurar paper.md / Step 2: Configure paper.md
+
+Asegurar que el encabezado YAML incluya:
+
+*Ensure the YAML header includes:*
+
+```yaml
+bibliography: bibliography.bib
+```
+
+### Paso 3: Usar citas en el texto / Step 3: Use citations in text
+
+Referenciar las citas usando la sintaxis: `[@clave]`
+
+*Reference citations using the syntax: `[@clave]`*
+
+```markdown
+Este es un hecho importante [@smith2023].
+*This is an important fact [@smith2023].*
+```
+
+### Paso 4: Compilar el documento / Step 4: Compile the document
+
+```bash
+# Generar PDF
+pandoc paper.md --bibliography=bibliography.bib --citeproc -o paper.pdf
+
+# Generar HTML
+pandoc paper.md --bibliography=bibliography.bib --citeproc -o paper.html
+
+# Generar DOCX
+pandoc paper.md --bibliography=bibliography.bib --citeproc -o paper.docx
+```
+
+---
+
+## Recursos Adicionales / Additional Resources
+
+- [Pandoc Manual - Citations](https://pandoc.org/MANUAL.html#citations)
+- [BibTeX Format Documentation](http://www.bibtex.org/Format/)
+- [JOSS Submission Guidelines](https://joss.readthedocs.io/en/latest/submitting.html)
+- [Citation Style Language](https://citationstyles.org/)
+
+---
+
+## Conclusión / Conclusion
+
+**Español:** Para que las citas funcionen en documentos Markdown, la bibliografía **debe** estar en formato BibTeX (`.bib`), no en formato Python (`.py`). El problema se ha resuelto proporcionando el archivo `bibliography.bib` correcto y documentación completa.
+
+**English:** For citations to work in Markdown documents, the bibliography **must** be in BibTeX format (`.bib`), not Python format (`.py`). The problem has been resolved by providing the correct `bibliography.bib` file and comprehensive documentation.