Ramsses1216.md

title	Bases de données Dynafor
subtitle	Point sur l'intégration des données
author	Wilfried Heintz
date	December 15, 2016
job	UMR 1201 Dynafor, INRA, Toulouse
framework	io2012
highlighter	highlight.js
hitheme	tomorrow
widgets	bootstrap quiz
mode	selfcontained
license	by-nc-sa
logo	Dynafor.jpg
knit	slidify::knit2slides
ext_widgets	rCharts libraries/nvd3

Un serveur dédié

Pour des BDD partagées et pérennes

• Machine virtuelle hébergée et sauvegardée sur le datacenter
• Logiciel PostgreSQL
• Accessible à tous : 147.100.166.41
• ... Moyennant une authentification.

---

Des outils pour consulter

Phppgadmin

• Accessible en ligne depuis partout

• Via un navigateur Web

• http://dynafor.toulouse.inra.fr/phppgadmin

• Ergonomie limitée ...

---

Des outils pour consulter

PgAdmin4

• Client monoposte à installer

• Procédure d'authentification moins "immédiate"

• Ergonomie et fonctionnalités améliorées

---

Solutions pour déposer des données

Manuellement

• Avec phppgamdin ou en ligne de commande
• Tableau CSV -> table de base de données
• ! Respect de la structure de la table !

Automatiquement

• Nano-ordinateurs : BDD embarquée
• A ce propos : Journée RBDD "Cahiers de Terrain électroniques" http://rbdd.cnrs.fr/spip.php?article206
• Projet Pi4x4

---

Solutions pour déposer des données géographiques

Manuellement

• shp2pgsql
  shp2pgsql -s SRID myshapefile.shp myschema.mytable > myfile.sql

• ogr2ogr
  ogr2ogr -f 'PostgreSQL' PG:'host=myhost user=myloginname dbname=mydbname password=mypassword' myshapefile.shp

Avec assistant

• QGIS + DBManager

---

Des outils pour manipuler

QGIS

• Logiciel SIG libre et gratuit :-D

• Peut se connecter à une base pour afficher/éditer des données géographiques

• Ergonomie et fonctionnalités améliorées

---

Des outils pour manipuler

ArcGIS

• Logiciel SIG propriétaire et payant :-(

• Mais très utilisé et dispose d'un SAV !

• Peut se connecter à une base pour afficher/éditer des données géographiques

• Nécessite l'extension PostgreSQL Client Libraries

---

Des outils pour manipuler

R

• Logiciel libre et gratuit :-)
• Peut se connecter à une base pour générer un dataframe
• via un package (RPostgreSQL)

---

Quelques chiffres

Bases de données de projet

• 13 dont 12 spatiales
• 4 interfacées
• 2 diffusées sur Internet
• 2 éditées "en direct" par des agents Dynafor

=> N'hésitez plus à convertir vos données !

---

Focus sur EasyTrems

Bases de données dendromicrohabitats

• 7 niveaux hiérarchiques imbriqués

• 1 table relevés

• 4 tables référentielles (arbre,manip,espèce,genre)

• Interface Internet + Pi

---

Focus sur EasyTrems