changing doctesr in BEDPOSTX5

Author: djarecka

nipype/algorithms/tests/test_auto_MeshWarpMaths.py

@@ -13,7 +13,10 @@ def test_MeshWarpMaths_inputs():
         ),
         in_surf=dict(mandatory=True, ),
         operation=dict(usedefault=True, ),
-        operator=dict(mandatory=True, ),
+        operator=dict(
+            mandatory=True,
+            usedefault=True,
+        ),
         out_file=dict(usedefault=True, ),
         out_warp=dict(usedefault=True, ),
     )

nipype/interfaces/afni/tests/test_auto_Cat.py

@@ -38,6 +38,7 @@ def test_Cat_inputs():
             argstr='> %s',
             mandatory=True,
             position=-1,
+            usedefault=True,
         ),
         out_fint=dict(
             argstr='-f',

nipype/interfaces/afni/tests/test_auto_NwarpApply.py

@@ -5,7 +5,10 @@
 
 def test_NwarpApply_inputs():
     input_map = dict(
-        ainterp=dict(argstr='-ainterp %s', ),
+        ainterp=dict(
+            argstr='-ainterp %s',
+            usedefault=True,
+        ),
         args=dict(argstr='%s', ),
         environ=dict(
             nohash=True,
@@ -20,7 +23,10 @@ def test_NwarpApply_inputs():
             argstr='-source %s',
             mandatory=True,
         ),
-        interp=dict(argstr='-interp %s', ),
+        interp=dict(
+            argstr='-interp %s',
+            usedefault=True,
+        ),
         inv_warp=dict(argstr='-iwarp', ),
         master=dict(argstr='-master %s', ),
         out_file=dict(

nipype/interfaces/afni/tests/test_auto_NwarpCat.py

@@ -21,7 +21,10 @@ def test_NwarpCat_inputs():
             mandatory=True,
             position=-1,
         ),
-        interp=dict(argstr='-interp %s', ),
+        interp=dict(
+            argstr='-interp %s',
+            usedefault=True,
+        ),
         inv_warp=dict(argstr='-iwarp', ),
         num_threads=dict(
             nohash=True,

nipype/interfaces/ants/tests/test_auto_ApplyTransforms.py

@@ -15,7 +15,10 @@ def test_ApplyTransforms_inputs():
             nohash=True,
             usedefault=True,
         ),
-        float=dict(argstr='--float %d', ),
+        float=dict(
+            argstr='--float %d',
+            usedefault=True,
+        ),
         ignore_exception=dict(
             deprecated='1.0.0',
             nohash=True,

nipype/interfaces/ants/tests/test_auto_Registration.py

@@ -126,7 +126,10 @@ def test_Registration_inputs():
         ),
         use_estimate_learning_rate_once=dict(),
         use_histogram_matching=dict(usedefault=True, ),
-        verbose=dict(argstr='-v', ),
+        verbose=dict(
+            argstr='-v',
+            usedefault=True,
+        ),
         winsorize_lower_quantile=dict(
             argstr='%s',
             usedefault=True,

nipype/interfaces/freesurfer/tests/test_auto_CheckTalairachAlignment.py

@@ -32,7 +32,10 @@ def test_CheckTalairachAlignment_inputs():
             deprecated='1.0.0',
             nohash=True,
         ),
-        threshold=dict(argstr='-T %.3f', ),
+        threshold=dict(
+            argstr='-T %.3f',
+            usedefault=True,
+        ),
     )
     inputs = CheckTalairachAlignment.input_spec()
 

nipype/interfaces/fsl/dti.py

@@ -422,7 +422,7 @@ class BEDPOSTX5(FSLXCommand):
     >>> bedp = fsl.BEDPOSTX5(bvecs='bvecs', bvals='bvals', dwi='diffusion.nii',
     ...                     mask='mask.nii', n_fibres=1)
     >>> bedp.cmdline
-    'bedpostx bedpostx --forcedir -n 1'
+    'bedpostx bedpostx -b 0 --burninnoard=0 --forcedir -n 1 -s 1 --updateproposalevery=40'
 
     """
 

nipype/interfaces/fsl/tests/test_auto_BEDPOSTX5.py

@@ -10,8 +10,14 @@ def test_BEDPOSTX5_inputs():
             xor=('no_ard', 'all_ard'),
         ),
         args=dict(argstr='%s', ),
-        burn_in=dict(argstr='-b %d', ),
-        burn_in_no_ard=dict(argstr='--burninnoard=%d', ),
+        burn_in=dict(
+            argstr='-b %d',
+            usedefault=True,
+        ),
+        burn_in_no_ard=dict(
+            argstr='--burninnoard=%d',
+            usedefault=True,
+        ),
         bvals=dict(mandatory=True, ),
         bvecs=dict(mandatory=True, ),
         cnlinear=dict(
@@ -72,13 +78,19 @@ def test_BEDPOSTX5_inputs():
         ),
         output_type=dict(),
         rician=dict(argstr='--rician', ),
-        sample_every=dict(argstr='-s %d', ),
+        sample_every=dict(
+            argstr='-s %d',
+            usedefault=True,
+        ),
         seed=dict(argstr='--seed=%d', ),
         terminal_output=dict(
             deprecated='1.0.0',
             nohash=True,
         ),
-        update_proposal_every=dict(argstr='--updateproposalevery=%d', ),
+        update_proposal_every=dict(
+            argstr='--updateproposalevery=%d',
+            usedefault=True,
+        ),
         use_gpu=dict(),
     )
     inputs = BEDPOSTX5.input_spec()

nipype/interfaces/fsl/tests/test_auto_FSLXCommand.py

@@ -10,8 +10,14 @@ def test_FSLXCommand_inputs():
             xor=('no_ard', 'all_ard'),
         ),
         args=dict(argstr='%s', ),
-        burn_in=dict(argstr='--burnin=%d', ),
-        burn_in_no_ard=dict(argstr='--burninnoard=%d', ),
+        burn_in=dict(
+            argstr='--burnin=%d',
+            usedefault=True,
+        ),
+        burn_in_no_ard=dict(
+            argstr='--burninnoard=%d',
+            usedefault=True,
+        ),
         bvals=dict(
             argstr='--bvals=%s',
             mandatory=True,
@@ -79,13 +85,19 @@ def test_FSLXCommand_inputs():
         ),
         output_type=dict(),
         rician=dict(argstr='--rician', ),
-        sample_every=dict(argstr='--sampleevery=%d', ),
+        sample_every=dict(
+            argstr='--sampleevery=%d',
+            usedefault=True,
+        ),
         seed=dict(argstr='--seed=%d', ),
         terminal_output=dict(
             deprecated='1.0.0',
             nohash=True,
         ),
-        update_proposal_every=dict(argstr='--updateproposalevery=%d', ),
+        update_proposal_every=dict(
+            argstr='--updateproposalevery=%d',
+            usedefault=True,
+        ),
     )
     inputs = FSLXCommand.input_spec()