misctools/rc at master · knowah/misctools · GitHub

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#!/usr/bin/python3

import argparse

parser = argparse.ArgumentParser()
parser.add_argument("seq")
parser.add_argument("--rna", action="store_true")
args = parser.parse_args()

char_dict = {
	'A': 'T',
	'C': 'G',
	'G': 'C',
	'T': 'A',
	'R': 'Y',
	'Y': 'R',
	'S': 'W',
	'W': 'S',
	'K': 'M',
	'M': 'K',
	'B': 'V',
	'V': 'B',
	'D': 'H',
	'H': 'D',
	'N': 'N',
	'a': 't',
	'c': 'g',
	'g': 'c',
	't': 'a',
	'r': 'y',
	'y': 'r',
	's': 'w',
	'w': 's',
	'k': 'm',
	'm': 'k',
	'b': 'v',
	'v': 'b',
	'd': 'h',
	'h': 'd',
	'n': 'n',
	'.': '.',
	'-': '-'
}

if args.rna:
	char_dict['A'] = 'U'
	char_dict['U'] = 'A'
	del char_dict['T']
	char_dict['a'] = 'u'
	char_dict['u'] = 'a'
	del char_dict['t']

print("".join([char_dict[x] for x in args.seq][::-1]))