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[GuangchuangYu]

1. 现在支持非常多的物种，因为不是内置支持，而是先外部处理OrgDb，准备好GO注释。

• OrgDb可以通过AnnotationHub获得，如果没有的话，也可以自己通过AnnotationForge构建，另外AnnotationHub检索回来的OrgDb也可以打包为R包，以供后续使用。
• 支持GAF文件 （衔接蛋白质组注释，parse GAF file clusterProfiler#397.
• Blast2GO输出
• 支持用户输入data.frame, 对接通用的go注释 #44.

即便是用户自己注释的新基因组，也能够分析，少去了搞OrgDb的门槛。

2. 基于信息含量的几种方法是我用C++重写的，后来又有@alyst优化，现在的速度更快。

3. 实现了新方法TCSS

4. 支撑其它包的语义相似性度量，包括disease ontology, human phenotype ontology, mouse phenotype ontology, Medical Subject Headings等。

• 可以结合一个GAF文件和TCSS方法，应用于蛋白上，可能更准确些 （或者可以做为example，用于写protocol之类的，不在新manuscript里）。