Em andamento está um pipeline end-to-end orientado ao processamento de sequências primárias, estruturado para acesso automatizado ao ecossistema do GenBank. O fluxo foi inicialmente concebido com base nas ferramentas esearch, efetch e xtract, pertencentes ao conjunto EDirect do protocolo Entrez do NCBI, permitindo consultas programáticas, recuperação de assemblies e extração estruturada de metadados diretamente das bases do NCBI.
A arquitetura utiliza consultas taxonômicas automatizadas, parsing de registros e organização de dados genômicos para posterior integração em análises de genômica comparativa, controle de qualidade e mineração de dados biológicos.
esearchefetchxtract- EDirect
- Entrez / E-utilities
- GenBank
- NCBI Datasets CLI
- Python
- JSONL parsing
- Processamento automatizado de FASTA
- Extração de metadata de assemblies
- Automatizar aquisição de assemblies genômicos
- Organizar metadados estruturados
- Realizar controle de qualidade inicial
- Extrair sequências primárias
- Integrar dados para análises comparativas
- Suportar workflows reprodutíveis em bioinformática
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NCBI Entrez Programming Utilities Help
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK179288/ -
NCBI Datasets CLI
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/docs/v2/command-line-tools/