-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 0
Expand file tree
/
Copy pathprotein orig.h
More file actions
200 lines (176 loc) · 4.33 KB
/
protein orig.h
File metadata and controls
200 lines (176 loc) · 4.33 KB
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
//#include<bits/stdc++.h>
//#include<iostream>
//using namespace std;
//class p_data
//{
// public:
// int c;
// int p_a[2];
// int p_b[2];
// int p_t;
// float b[4];
// int a_class[2];
// int b_class[2];
// int p4_a;
// int p4_b;
// int p4_t;
//
// p_data()
// {
// }
// p_data(int c1,int pa0,int pa1,int pb0,int pb1,int pt,float g,float h,float i,float j,int ac1,int ac2,int bc1,int bc2,int p4a,int p4b,int p4t){
//
// c=c1;
//
// p_a[0]=pa0;
// p_a[1]=pa1;
//
// p_b[0]=pb0;
// p_b[1]=pb1;
//
// p_t=pt;
//
// b[0]=g;
// b[1]=h;
// b[2]=i;
// b[3]=j;
//
// a_class[0]=ac1;
// a_class[1]=ac2;
//
// b_class[0]=bc1;
// b_class[1]=bc2;
//
// p4_a=p4a;
// p4_b=p4b;
// p4_t=p4t;
// }
// void set(int c1,int pa0,int pa1,int pb0,int pb1,int pt,float g,float h,float i,float j,int ac1,int ac2,int bc1,int bc2,int p4a,int p4b,int p4t)
// {
// c=c1;
//
// p_a[0]=pa0;
// p_a[1]=pa1;
//
// p_b[0]=pb0;
// p_b[1]=pb1;
//
// p_t=pt;
//
// b[0]=g;
// b[1]=h;
// b[2]=i;
// b[3]=j;
//
// a_class[0]=ac1;
// a_class[1]=ac2;
//
// b_class[0]=bc1;
// b_class[1]=bc2;
//
// p4_a=p4a;
// p4_b=p4b;
// p4_t=p4t;
//
// }
//};
//class BTNode
//{
// public:
// p_data *data;
// BTNode *lchild;
// BTNode *rchild;
// friend class BST;
// BTNode()
// {
// lchild=0;
// rchild=0;
// }
// BTNode(p_data *d){
// data = d;
// lchild=NULL;
// rchild=NULL;
// }
//// BTNode(p_data *d,BTNode *obj1=0, BTNode *obj2=0){
//// data = d;
//// lchild = obj1;
//// rchild = obj2;
//// }
//
//};
//class BST{
// protected:
// BTNode *root;
//
// public:
// BST(){}
// void insert(p_data *d)
// {
// BTNode *newChild,*current,*parent;
// current=root;
// parent=0;
// newChild = new BTNode(d);
// while(current!=0){
// parent=current;
// if(d->c < current->data->c){
// current=current->lchild;
// }
// else{
// current=current->rchild;
// }
// }
// if(root==0){
// root=newChild;
// }
// else
// {
// if(d->c < parent->data->c)
// {
// parent->lchild=newChild;
// }
// else
// {
// parent->rchild=newChild;
// }
// }
// }
//
//
//};
struct p_data
{
int c;
int p_a[2];
int p_b[2];
int p_t;
float b[4];
int a_class[2];
int b_class[2];
int p4_a;
int p4_b;
int p4_t;
};
// http://prowl.rockefeller.edu/aainfo/chou.htm structural properties of amino acids
struct p_data data[]=
{
'A', 142, 139, 83, 79, 66, 0.06, 0.076, 0.035, 0.058, 'H', 'H', 'i', 'i', 0, 0, 0,
'R', 98, 100, 93, 94, 95, 0.070, 0.106, 0.099, 0.085, 'i', 'H', 'i', 'i', 0, 0, 0,
'N', 67, 78, 89, 66, 156, 0.161, 0.083, 0.191, 0.091, 'b', 'i', 'i', 'b', 0, 0, 0,
'D', 101, 106, 54, 66, 146, 0.147, 0.110, 0.179, 0.081, 'I', 'h', 'B', 'b', 0, 0, 0,
'C', 70, 95, 119, 107, 119, 0.149, 0.050, 0.117, 0.128, 'i', 'i', 'h', 'h', 0, 0, 0,
'Q', 111, 112, 110, 100, 98, 0.074, 0.098, 0.037, 0.098, 'h', 'h', 'h', 'I', 0, 0, 0,
'E', 151, 144, 37, 51, 74, 0.056, 0.060, 0.077, 0.064, 'H', 'H', 'B', 'b', 0, 0, 0,
'G', 57, 64, 75, 87, 156, 0.102, 0.085, 0.190, 0.152, 'B', 'B', 'b', 'i', 0, 0, 0,
'H', 100, 112, 87, 83, 95, 0.140, 0.047, 0.093, 0.054, 'I', 'h', 'i', 'i', 0, 0, 0,
'I', 108, 99, 160, 157, 47, 0.043, 0.034, 0.013, 0.056, 'h', 'i', 'H', 'H', 0, 0, 0,
'L', 121, 130, 130, 117, 59, 0.061, 0.025, 0.036, 0.070, 'H', 'H', 'H', 'h', 0, 0, 0,
'K', 116, 121, 74, 73, 101, 0.055, 0.115, 0.072, 0.095, 'h', 'h', 'b', 'b', 0, 0, 0,
'M', 145, 132, 105, 101, 60, 0.068, 0.082, 0.014, 0.055, 'H', 'H', 'h', 'I', 0, 0, 0,
'F', 113, 111, 138, 123, 60, 0.059, 0.041, 0.065, 0.065, 'h', 'h', 'h', 'h', 0, 0, 0,
'P', 57, 55, 55, 62, 152, 0.102, 0.301, 0.034, 0.068, 'B', 'B', 'B', 'B', 0, 0, 0,
'S', 77, 72, 75, 94, 143, 0.120, 0.139, 0.125, 0.106, 'i', 'B', 'B', 'i', 0, 0, 0,
'T', 83, 78, 119, 133, 96, 0.086, 0.108, 0.065, 0.079, 'i', 'i', 'h', 'h', 0, 0, 0,
'W', 108, 103, 137,124, 96, 0.077, 0.013, 0.064, 0.167, 'h', 'I', 'h', 'h', 0, 0, 0,
'Y', 69, 73, 147,131, 114, 0.082, 0.065, 0.114, 0.125, 'b', 'b', 'H', 'h', 0, 0, 0,
'V', 106, 97, 170, 164, 50, 0.062, 0.048, 0.028, 0.053, 'H', 'i', 'H', 'H', 0, 0, 0,
};