02-languageR.Rmd

# Le language R

<!-- KC: le script à charger -->
```{r, echo=FALSE}
knitr::read_chunk("./scripts/langage.R")
```



## Interagir avec R (60 min)


### Quelques repères historiques

KC: je pense qu'en faisant le bilan actuel ça donnera le pourquoi de R.
(Historique de R; Pourquoi R)


- Ouvrir l'interface visuel (console)
- Environnement de développement: RStudio, SublimeText, Textwrangler, Emac, Atom
- Répertoire de travail (~, ., chemin de fichier, getwd(), setwd())

```{r wkd, eval=FALSE}
<<lang01>>
```



- Type de variables
- Types d'objet
- Lire des fichiers
	- formats utilisés et à éviter
	- EX: passer d'un fichier Excel à R
	- erreurs courantes
		- noms de fichier et le répertoire de travail
		- type de séparateur
		- nom des colonnes
		- les entrées vides
- Écrire des fichiers
	- formats
	- EX: passer d'un objet R à Excel
- Visualiser les objets
	- ls, str, head, tail, summary
- Le script
	- commenter
	- découper
	- la fonction 'source'
- Démystifier la fonction
- Aide
- Charger une librairie
- notion de contrôle de version: GIT

EXERCICE : modifier un fichier excel, le lire, le modifier et l'ouvrir à nouveau sur Excel

## Manipulation des objets (90 min)

- générer des objets (seq, c, matrix, vector, rep, expand.grid)
- indexation
	- vecteur
	- matrice
	- liste
- manipulations sur data frame
- noms de colonnes et de rangées
- conversion entre types d'objets
- combiner des objets
- split
- merge
- subset
- sort
- order
- rank
- unique
- indexer des ensembles
- tableau croisé

## Exercice

**Description:** Compiler les données de Sutton, un tableau de nombre de tiges et de taille moyenne par espèce, au sein de trois blocs