Calcolo layout per visualizzazione grafo

[jenkin]

L'export in formato gexf permette di importare facilmente il grafo in Gephi, che però fatica molto ad applicare layout a grafi grandi (~10k nodi e archi).

Potrebbe fare tutto networkx e salvare così già il grafo con le coordinate (un force layout, per esempio)? In questo modo Gephi dovrebbe solo visualizzare ed eventualmente fare analisi e calcolare parametri,

[marcogoldin]

L'unica cosa che mi viene al momento in mente è aggirare il problema settando le coordinate come attributi dei nodi. Tra i metodi disponibili in networkx non c'è Atlas ma si può usare un Fruchterman-Reingold che è pur sempre force-directed. http://networkx.readthedocs.io/en/stable/reference/drawing.html#module-networkx.drawing.layout Ho lanciato una pull, prova a dare un'occhiata.

[jenkin]

Ok, dipende tutto da come gestisce la cosa Gephi: http://forum-gephi.org/viewtopic.php?f=29&t=1811 (ma il plugin nominato purtroppo non c'è per la v0.9).

Per una visualizzazione web invece non ci sono problemi, nel codice javascript puoi tranquillamente usare due attributi del nodo come coordinate del centro.

[jenkin]

Quest'altra libreria è votata alle prestazioni e al multicore, andrebbe provata:https://graph-tool.skewed.de/static/doc/draw.html.