MicroGrowAgents/ARCHITECTURE.txt at main · CultureBotAI/MicroGrowAgents · GitHub

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THREE-TIER VALIDATION ARCHITECTURE
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                            ┌─────────────────┐
                            │  User Question  │
                            │  "Is PQQ needed │
                            │   for M. ext?"  │
                            └────────┬────────┘
                                     │
                                     ↓
                        ┌────────────────────────┐
                        │      SQLAgent          │
                        │  (with 3-tier support) │
                        └────────────────────────┘
                                     │
        ┌────────────────────────────┼────────────────────────────┐
        │                            │                            │
        ↓                            ↓                            ↓
┌───────────────┐          ┌──────────────────┐        ┌──────────────────┐
│   TIER 1:     │          │    TIER 2:       │        │    TIER 3:       │
│   KG-Microbe  │          │    Evidence      │        │    Genome        │
│               │          │    Retrieval     │        │    Function      │
└───────────────┘          └──────────────────┘        └──────────────────┘
        │                            │                            │
        │                            │                            │
        ↓                            ↓                            ↓
┌───────────────┐          ┌──────────────────┐        ┌──────────────────┐
│ MediaDive:    │          │ PDF Search:      │        │ Genome Query:    │
│ 0/3141 media  │          │ 13 citations     │        │ 5 genes found    │
│ contain PQQ   │          │ found for PQQ    │        │ (pqqA-E)         │
└───────────────┘          └──────────────────┘        └──────────────────┘
        │                            │                            │
        └────────────────────────────┼────────────────────────────┘
                                     │
                                     ↓
                        ┌────────────────────────┐
                        │  KGValidationHelper    │
                        │  (combines all tiers)  │
                        └────────────────────────┘
                                     │
                                     ↓
                        ┌────────────────────────┐
                        │   Validation Result    │
                        ├────────────────────────┤
                        │ Confidence: HIGH       │
                        │ Evidence: 3 tiers      │
                        │                        │
                        │ • KG: 0 in MediaDive   │
                        │ • PDF: 13 citations    │
                        │ • Genome: 5 genes      │
                        │                        │
                        │ Decision: Include PQQ  │
                        │ Reason: Biosynthesized │
                        │         but trace      │
                        │         amounts needed │
                        └────────────────────────┘

DATA FLOW:
==========

1. TIER 1 (KG-Microbe): DuckDB → MediaDive stats
   ↓
2. TIER 2 (Evidence): If KG inconclusive → Query PDFs/web
   ↓
3. TIER 3 (Genome): If biosynthesis claim → Query genome annotations
   ↓
4. KGValidationHelper: Combine all evidence → Final decision

CONFIDENCE SCORING:
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Tier 1 Only:         LOW      (KG data alone)
Tier 1 + 2:          HIGH     (KG + citations)
Tier 1 + 2 + 3:      VERY HIGH (KG + citations + genome)

BACKWARDS COMPATIBILITY:
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Old Code (still works):
    validator = KGValidationHelper()  # No services
    # Uses hardcoded TRACE_COFACTORS, STRONG_CHELATORS

New Code (Tier 2):
    evidence_service = EvidenceRetrievalService()
    validator = KGValidationHelper(evidence_service=evidence_service)
    # Uses KG + PDF evidence

New Code (Tier 3):
    evidence_service = EvidenceRetrievalService()
    genome_agent = GenomeFunctionAgent()
    validator = KGValidationHelper(
        evidence_service=evidence_service,
        genome_agent=genome_agent
    )
    # Uses KG + PDF + Genome

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