R_SCV_y_github-ES.Rmd

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title: "R, Sistemas de Control de Versión y github"
author: "Alex Sanchez (asanchez@ub.edu)"
output: slidy_presentation
css: my.css
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# Introducción a los Sistemas de Contol de Versiones


<div align="center">
![SCV = "Sistemas de Control de Versiones"](images/whyWeNeedCVS.png)
</div>

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## ¿Qué son los SCV?
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- Se llama __control de versiones__ a la gestión de los diversos cambios que se realizan sobre los elementos de algún producto o una configuración del mismo.
- Una _versión_, revisión o edición de un producto, es el estado en que se encuentra el mismo en un momento dado de su desarrollo o modificación.
- Los __Sistemas de control de versiones (SCV)__ son __programas__ que facilitan la administración de las diferentes versiones de cada producto desarrollado.
- Un _producto_ puede ser un archivo, un paquete, un proyecto entero.

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## ¿Qué aportan los SCV?

- Un sistema de control de versiones debe proporcionar:
    + Un _mecanismo de almacenaje_ los elementos que tenga que gestionar (p.ej. Archivos de texto, imágenes, documentación ...).
    + La _posibilidad realizar cambios_ sobre los elementos almacenados (p, ej. Modificaciones parciales, añadir, borrar, renombrar o mover elementos).
    + Un _Registre histórico_ de las acciones realizadas con cada elemento o conjunto de elementos (normalmente pudiendo volver o extraer un estado anterior del producto).
- Un concepto importante es el de __repositorio__ que es como se denomina al lugar donde se almacenan los datos actualizados e históricos de cambios.
- Un repositorio puede tomar formas muy distintas: puede ser un sistema de archivos en un seridor web, en un disco duro, un banco de datos, etc.

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# Tipo de SCV

- Podemos clasificar los sistemas de control de versiones atendiendo a la arquitectura utilizada para el almacenamiento del código
    + __Centralizados__: existe un repositorio centralizado de todo el código, del que es responsable un único usuario (o conjunto de ellos). Se facilitan las tareas administrativas a cambio de reducir flexibilidad, ya que todas las decisiones fuertes (como crear una nueva rama) necesitan la aprobación del responsable. Algunos ejemplos son __CVS__, __Subversion__ o __Team Foundation Server__.
    + __Distribuidos__: cada usuario tiene su propio repositorio. Los diferentes ubicaciones pueden intercambiar y mezclar revisiones entre ellos. Es frecuente el uso de un repositorio, que está normalmente disponible, que sirve de punto de sincronización de los diferentes ubicaciones locales. Algunos ejemplos son __Bazaar__ o __Git__,

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# SCV centralizados o distribuidos

<div align = "center">
![](images/ccvs-dcvs.png)
</div>

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# ¿Qué es `github`?

- `GitHub` es un servicio de alojamiento de repositorios` git`.
- `GitHub` ofrece toda la funcionalidad de` git` de control de revisión distribuido y administración de código de la fuente (SCM) añadiendo una serie de características propias.
- A diferencia de `git`, que es estrictamente una herramienta de _línea de comandos_, ` GitHub` proporciona una interfaz gráfica basada en web y escritorio así como integración del móvil.
- También proporciona control de acceso y varias características de colaboración como _`bug tracking`_, _administración de tasques_, y _wikis_ por cada proyecto.

<Div align = "center">
![](images/gitAndGithub.jpg)
</Div>

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# Para que suele utilizarse git / github?

- Si se guarda el código en un repositorio
    + Es más fácil controlar los cambios que se van introduciendo
    + Es más sencillo acceder (uno mismo y otros) a la última versión.
    + Es posible trabajar colaborativamente.
- Los desarrolladores de programas pueden ...
    + Tener control de lo que van desarrollando.
- Versiones de desarrollo / Versiones estables
    +  Distribuir más fácilmente las versiones estables
    + Recibir input de los usuarios de los programas
- Los usuarios de los programas pueden ...
    + Acceder a la última versión de los programas que quieren utilizar.
    + Dar feedback a los desarrolladores de los programas.

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# Configuración inicial

- Conviene diferenciar la configuración de `git` de la de` github`
    + `git` es el programa que permite hacer el CV y debe se instalarse en el equipo.
    + `github` es el entorno web que adoptamos para hacerlo y hay que darse de alta.
- Como probablemente utilizaremos `Rstudio` también lo configuraremos
    + En primer lugar instalaremos `git` en el ordenador.
    + A continuación indicaremos su localización mediante la opción: 
        `Tools-->Global Options-->git/SVN`

<!-- - Recordemos: -->
<!--     + Para *acceder* a un repositorio y descargar su material no hay que hacer nada especial. -->
<!--     + Sí lo que se desea es poner código (u otros materiales) bajo control de versiones si que es preciso seguir determinados pasos. -->

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# Creación de una cuenta en github

- Ir a [https://github.com/](https://github.com/) y crear un usuario
    + [https://github.com/hadley](https://github.com/hadley)
    + [https://github.com/alexGRBio](https://github.com/alexGRBio)
- Es gratuito y podemos crear repositorios públicos o privados.
- Podemos crear _Organizaciones_ que permite dar acceso a grupos de usuarios a ciertos repositorios.
  

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# Instalación de git

- Básicamente lo hay que hacer es:
    + Descargar el programa
    + Instalarlo
    + Configurar el nombre de usuario. 

- Por ejemplo para crear un usuario llamado `nombreUsuario` cuyo correo electrónico será `correo@usuario` escribiremos:

    `git config --global user.email correo@usuario`
    `git config --global user.name mombreUsuario`

- Podemos ver un ejemplo de cómo instalar git en el enlace:
[http://r-pkgs.had.co.nz/git.html#git-init](http://r-pkgs.had.co.nz/git.html#git-init)


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# Configuración de Rstudio para trabajar con `git/github`

- Desde _Tools -> Version Control_ selecionar _Git_
- Desde _RStudio, Tools -> Global Options_, seleccionamos la pestaña _Git / SVN_
    + Hay que asegurarse de que el _path_ hacia el ejecutable es correcto, especialmente en Windows donde será algo parecido a: `C:\Program Files (x86)\git\bin\git.exe`.
    
- Opcionalmente, podemos crear una clave SSH para que, desde nuestro ordenador, no haga falta introducir el nombre de usuario y la contraseña cada vez que queramos acceder a github (ver diapositiva siguiente)

- Una buena fuente de información la encontraremos en los tutoriales de Rstudio:

[Using Version Control with Rstudio](https://support.rstudio.com/hc/en-us/articles/200532077?version=1.2.1335&mode=desktop)
    <!-- + [http://www.r-bloggers.com/rstudio-and-github/](http://www.r-bloggers.com/rstudio-and-github/) -->


# Configuración adicional (opcional)

- Desde _RStudio, Tools -> Global Options_, seleccionamos la pestaña _Git/SVN_

    + Escogemos _Create RSA Key_. Se abrirá una ventana que muestra la clave creada.
    + Cerramos la ventana, pulsamos _View públic key_ y copiamos (Ctrl+C) la clave pública que se nos muestra.

- *Para el paso siguiente tenemos que haber creado anteriormente una cuenta en github*

    + Accedemos a github y nos identificamos con nuestro usuario y contraseña
    + Abrimos _account settings_ y seleccionamos la pestaña de claves SSH/GPG
    + Pulsamos _Add SSH key_ y pegamos la clave pública que hemos creado desde Rstudio.

- Finalmente debemos asociar la versión de git de nuestro ordenador com GitHub

    + En RStudio, pulsamos _Tools -> Shell_. Se abrirá una consola donde escribiremos:
    `git config --global user.email correo@usuario`
    `git config --global user.name nombreUsuario`

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# Descarga o Clonación de repositorios

- github se ha convertido en una de las fuentes principales de software libre en internet. Podemos encontrar de todo, cursos, manuales, herramientas organizados como repositorios de github.
- ¿Que hay que hacer, que hay que saber hacer para tener acceso a esta información?
    + Obviamente lo primero es la url de cada repositorio
    + Lo segundo es decidir si se quiere descargar o clonar.
- Si sólo vamos a acceder a un repositorio una vez en la vida probablemente bastará con que lo descarguemos a nuestro ordenador.
- Si queremos poder seguir el desarrollo del proyecto que representa el repositorio y queremos poder mantenernos al día sin necesitar hacer descargas completas cada vez que sospechemos que ha habido cambios clonaremos  el repositorio.
    + La clonación consiste en usar el programa "git" instalado en nuestro ordenador para descargar el contenido del repositorio todo su historial de versiones.
    + Una vez se ha clonado el repositorio se puede solicitar actualizaciones en cualquier momento con la instrucción "pull"

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# Caso 1.1: Descargar o Clonar repositorios de github desde la consola

Si queremos clonar un repositorio podemos hacerlo facilmente

- Accedemos a la cuenta de github que contiene el repositorio que queremos clonar, por ejemplo [https://github.com/ASPteaching](https://github.com/ASPteaching)
-  Entramos en el repositorio con doble clic, por ejemplo _Omics_Data_Analysis-Case_Study_1-Microarrays_
- Seleccionamos la opción `Clone/download', Esto __copiará la dirección del repositorio en la memoria__.
- Para cllonar el repositorio desde la consola: ...
    + En nuestro ordenador nos situamos en el directorio donde se desea situar el repositorio clonado.
    + Tecleamos: `git clone` y el nombre del repositorio, que en nuestro caso seria ` _Omics_Data_Analysis-Case_Study_1-Microarrays`
    
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# Caso 1.2. Clonar repositorio en Rstudio

- Para clonar un repositorio desde Rstudio podemos crear un  proyecto bajo control de versión;
    + Seleccionar __File / New Project... / Version Control / Git__
    + Donde se indica "Repository URL" pegar la URL del repositorio. Por ejemplo: "https://github.com/ASPteaching/Omics_Data_Analysis-Case_Study_1-Microarrays"
    + En el campo "Create project as subdirectory of.." seleccionamos el directorio en el que desea crear el proyecto
    + Pulsamos "Create Project". Esta acción descargará el contenido del repositorio al directorio indicado y tendremos una copia completa bajo control de versiones que podremos ir actualizando con la opción git/pull.

- Obsérvese que la URL del repositorio se puede obtener tanto de la barra de direcciones del navegador como pulsando el boton "clone" this repository

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# Caso 2: Creación de proyectos con control de versión

- Como antes escogemos _new project_ y después _new Directory_
- Damos nombre al proyecto y marcamos: _Create a git repository_
- Desde RStudio, creamos un nuevo script ( `test.R`) que añadiremos al repositorio
    + Una vez grabado este nuevo script ( `test.R`), aparecerá en la pestaña __Git tab__ del panel __Environment / history__.
    + Seleccionamos el (los) archivos que queremos añadir al repositorio y pulsamos `Commit` entrando una breve descripción donde dice` Commit message`.
    + Esta acción no cambia nada en el repositorio, simplemente informa ("Commits") de la versión actual del archivo al repositorio local, o al servidor.
    + Tras el `commit` tenemos que actualizar ("push") los cambios en el repositorio de `GitHub`
        - Esto se puede hacer simplemente pulsando el botón "push" lo que nos proporcionará (i) una copia de seguridad que (ii) será accesible a los que accedan al repositorio.        

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# Caso 3: Convertir un directorio local en un repositorio de github

- Si queremos convertir un repositorio local en un remoto debemos hacerlo mediante linea de comandos.
- Una vez hecho esto  podremos "empujar" el repositorio en GitHub ...
    + Sin haber creado un directorio remoto que se corresponda
    + Habiendo creado previamente un directorio remoto con el que enlazar.
- Una vez creado el directorio a GitHub podremos añadir archivos

# 3.1 Creación del repositorio remoto

- Supongamos que tenemos un directorio local que queremos poner a github
- En primer lugar el convertiremos en repositorio y haremos un repositorio remoto a su imagen

```{r eval = FALSE}
echo "# 2017-02-09-MyFebruary_Talk" >> README.md
git init
git add README.md
git commit -m "first commit"
git remote add origin https://github.com/alexsanchezpla/-MyFebruary_Talk.git
git push -u origin master
```
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# 3.2 Añadiendo archivos del repositorio local al remoto

- Con el repositorio remoto creado podemos añadir archivos

```{r eval = FALSE}
git add -A
git commit -m "Nos archivos añadidos"
git push -u origin master
```

- Cada vez que hacemos cambios y los queramos actualizar podemos repetir estas instrucciones.

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# Caso 4: Creación de un paquete bajo control de versiones

- Si el proceso que hemos seguido anteriormente para crear el paquete del hubiéramos hecho dentro de un proyecto de bajo control de versiones podríamos haberlo subido directamente a GitHub
- Desde allí todo el que quiera se lo puede instalar o clonar.


# Referencias y enlaces

Internet está plagado de referencias buenas y malas sobre el uso de git y github, con o sin Rstudio

- [Using Git within RStudio](https://cfss.uchicago.edu/setup/git-with-rstudio/)
- [El control de versiones con Git](https://swcarpentry.github.io/git-novice-es/)