Analyse des Génomes 2024 -- Checkpoint 3

[drosofff]

Checking the availability of required input datasets in your Galaxy server

Please copy below (one comment by student) a screenshot of your History Multiview, as in the first comment of the discussion

[drosofff]

[Baptiste-Dm]

Bonsoir,

Voici mes historiques Galaxy:

[drosofff]

Je suppose que vous avez suivi les instructions de @slecrom pour un chargement des données plus restreint, @Baptiste-Dm .

Quoique il en soit, il me parait un peu risqué d'avoir des nomenclatures très similaires entre sRNAseq et RNAseq data. Attention à ne pas vous tromper plus tard...

[slecrom]

@drosofff tu as raison c'est risqué, il faudra le dire à Antoine et Laure 😉 Ce sont les numéros de référence qui changent.
Merci @Baptiste-Dm pour le partage de la copie d'écran. Vous êtes prêt pour la semaine prochaine.

[Juleslr22]

Bonjour,
Voici mon historique galaxy :

[drosofff]

C'est normal que les collections de l'histoire Small RNA sequencing data et de l'histoire RNA sequence datasets aient les mêmes noms (WT et GLKD) ? Si oui, attention au tapis @Juleslr22 ...

[Juleslr22]

Oui c'est normal dans le sens où c'est ce que je voulais faire mais vous avez raison je vais les renommer pour mieux les différencier.

[slecrom]

Bonjour @Juleslr22
Vous avez chargé toutes les données. Mais pour le TP vous n'allez travailler qu'avec 2 échantillons comme indiqué dans les encadrés orange dans le tutoriel. Je vous propose d'extraire de vos collections les échantillons sur lesquels vous allez travailler. Vous pouvez suivre les instructions disponibles via le lien ci-dessous pour savoir comment faire.
https://slecrom.github.io/AG2024/annexes/#extraire-des-elements-dune-collection
Bonne journée

[Maille0]

Grégoire Blavier

[slecrom]

Bonjour @Maille0
Vous avez chargé toutes les données. Mais pour le TP vous n'allez travailler qu'avec 2 échantillons comme indiqué dans les encadrés orange dans le tutoriel. Je vous propose d'extraire de vos collections les échantillons sur lesquels vous allez travailler. Vous pouvez suivre les instructions disponibles via le lien ci-dessous pour savoir comment faire.
https://slecrom.github.io/AG2024/annexes/#extraire-des-elements-dune-collection
Bonne journée

[Emmabenbakir]

[slecrom]

Bonjour @Emmabenbakir
Vous avez chargé toutes les données des ARN. Mais pour le TP vous n'allez travailler qu'avec 2 échantillons comme indiqué dans les encadrés orange dans le tutoriel. Comme les échantillons individuels sont visibles dans votre histoire ce n'est pas grave.
Bonne journée

[slecrom]

@Emmabenbakir je ne vois pas l'échantillon "Test Mapping" dans l'histoire des ARN, est-ce que vous l'avez téléchargée ?

[Emmabenbakir]

Oui, effectivement dans RNA sequence data, il y a bien Test Mapping, ça ne se voit pas sur le premier screen shot.

[slecrom]

Merci @Emmabenbakir nous verrons lundi pour finaliser l'utilisation des fichiers

[YoannGS]

Bonjour, voici mes historiques Galaxy :

[slecrom]

Bonjour @YoannGS
Vous avez chargé toutes les données. Mais pour le TP vous n'allez travailler qu'avec 2 échantillons comme indiqué dans les encadrés orange dans le tutoriel. Pour les ARN, je vous propose d'extraire de vos collections les échantillons sur lesquels vous allez travailler. Vous pouvez suivre les instructions disponibles via le lien ci-dessous pour savoir comment faire.
https://slecrom.github.io/AG2024/annexes/#extraire-des-elements-dune-collection
Pour les petits ARN comme vous n'avez pas fait de collections, laissez votre historique tel que.
Bonne journée

[YoannGS]

Bonjour @slecrom,
est-ce bon comme ça ?
NB : je viens de remarquer qu'il manque Test-mapping, je viens de le rajouter,

[MathildeQuib]

[slecrom]

Bonjour @MathildeQuib
Pouvez-vous prendre une copie d'écran plus large pour que je puisse voir le contenu complet de vos historiques ?
Merci

[MathildeQuib]

[slecrom]

Merci @MathildeQuib vous êtes prête pour lundi.

[oceanewthr]

[slecrom]

Bonjour @oceanewthr
Vous avez chargé toutes les données. Mais pour le TP vous n'allez travailler qu'avec 2 échantillons comme indiqué dans les encadrés orange dans le tutoriel. Je vous propose d'extraire de vos collections les échantillons sur lesquels vous allez travailler. Vous pouvez suivre les instructions disponibles via le lien ci-dessous pour savoir comment faire.
https://slecrom.github.io/AG2024/annexes/#extraire-des-elements-dune-collection
Bonne journée

[sarah-grn]

[slecrom]

Bonjour @sarah-grn
Il vous manque l'échantillon "Test-mapping" dans l'histoire RNA. Pouvez-vous l'uploader sur votre serveur ?
Bonne journée.

[LoannPtr]

Bonsoir, voici mes données:

[slecrom]

Bonjour @LoannPtr
Merci pour le partage de votre copie d'écran. L'extension de fichier de la séquence PLacZ est étrange. Elle devrait être au format Fasta. Pouvez-vous la télécharger de nouveau sur votre serveur Galaxy à partir du lien du tutoriel ?
Bonne journée,
Stéphane

[LoannPtr]

Bonjour, normalement c'est réglé !

[fabouraima]

,

Voici mes données

[drosofff]

Dites-donc, @fabouraima , c'est moche ça non 😄 ?
Vous voyez bien que vous avez changé quelque chose dans la manière d'uploader les données entre l'histoire Références et les histoires des RNAseq et sRNAseq...

[slecrom]

Bonjour @fabouraima
Le problème vient je pense d'une erreur dans l'affectation des noms des colonnes au moment de l'import. Vous avez deux options. Soit effacer les données et les recharger. Soit les renommer.
Pouvez-vous recharger votre copie d'écran, en ne conservant que la vue des 3 histoires ? Je n'ai pas besoin de voir le reste de la page.
Bonne journée.

[ldebarbarin]

Bonjour, Voici mon screenshot

[slecrom]

Bonjour @ldebarbarin
Parfait. Vous êtes prête pour lundi.
Bonne journée.

[Enzobcrl]

Bonjour, voici mon Screenshot de datasets

[slecrom]

Bonjour @Enzobcrl
Merci pour la capture d'écran. C'est bon pour lundi.
Bonne journée.

[ldebarbarin]

Bonjour,
Je me permets d'envoyer un message car j'ai réalisé une erreur lors de la création de ma VM. Je n'avais pas remarqué les différentes localisations d'hébergements assignées (Belgique pour moi) et ai donc renseigné zurich comme sur l'exemple.
Dois-je supprimer ma VM et en créer une nouvelle ou est ce bon tout de même ?
Merci

[drosofff]

Et voilà, tout le tp est foutu ! @ldebarbarin

[drosofff]

Je plaisante... Ca ne pose pas de problème, gardez votre VM !

[mhully]

Bonjour, voici les datasets téléchargés :

[slecrom]

Merci @mhully vous êtes prêt pour lundi.

[sarah-grn]

Bonjour @slecrom,
Voici la capture de mes datasets suite a l'upload de l'échantillon "Test-mapping" sur mon serveur.
Bonne journée.

[slecrom]

Merci @sarah-grn vous êtes prête pour lundi.

[fabouraima]

Bonjour,

Est ce que c'est tout bon maintenant? @drosofff ^^

[drosofff]

Oh c'est ravissant ❤️ 💟 😍 @fabouraima !

[MaeDrai]

Bonjour,
Voici la capture de mon History Multiview :

A lundi !

[slecrom]

Merci @MaeDrai tout est bon pour moi, vous êtes prêt pour lundi.

[alleongaelle]

Bonsoir,
Voici les historiques de mon serveur Galaxy:

Bonne soirée et à lundi !

[slecrom]

Bonjour @alleongaelle
Merci pour le partage d'écran. Tout est bon. Vous êtes prête pour lundi.
Bonne journée,

[sbensous]

Bonjour, Voici l'historique de mon serveur :

[sbensous]

J'ai vue qu'après votre message pour la décompression des fichiers mais j'ai décidé de garder les fichiers compressés en attendant pour m'assurer que le jour du TP tout est bon !

[slecrom]

Bonjour @sbensous
Ce n'est pas grave pour la décompression. On reverra tout cela lundi.
Bonne journée,

[n-lacombe]

Bonsoir, voici mes historiques Galaxy :

[slecrom]

Bonjour @n-lacombe
Merci pour le partage d'écran. Tout est bon. Vous êtes prêt pour lundi.
Bonne journée,

[Pirhhot]

[slecrom]

Merci @Pirhhot on verra lundi comment sélectionner les échantillons sur lesquels vous allez travailler.

[Nicolas-Doucet]

[slecrom]

Merci @Nicolas-Doucet nous verrons lundi pour mettre au propre les fichiers et les collections

[MichielTaw]

Bonjour, voici ma capture d'écran

[slecrom]

Merci @MichielTaw tout est bon pour lundi